Флавоноидууд болон NRF2-ийн Neh1 домэйн хоорондын харилцан үйлчлэлийн молекулын докингийн шинжилгээ

Хураангуй

Үндэслэл: Цөмийн эритроид 2-той холбоотой хүчин зүйл 2 (Nuclear factor erythroid 2-related factor 2, NRF2) нь эсийн исэлдэлтийн стресс болон ксенобиотикийн нөлөөнд үзүүлэх хариу урвалыг зохицуулахад чухал үүрэгтэй транскрипцийн хүчин зүйл юм. Гэвч NRF2-ийн идэвхжил хэт ихсэх нь хавдрын эсийн амьд үлдэх чадварыг нэмэгдүүлж, хими эмчилгээнд тэсвэртэй болоход нөлөөлдөг. Иймээс NRF2-ийн идэвхжлийг зохицуулах боломжтой байгалийн гаралтай флавоноидуудын судалгаанд судлаачид анхаарлаа хандуулж байна. Молекулын докингийн арга нь флавоноид болон NRF2 уургийн хоорондын харилцан үйлчлэлийг урьдчилан үнэлэх боломж олгодог бөгөөд хавдрын эмчилгээний шинэ нэгдлүүдийг илрүүлэхэд чухал ач холбогдолтой. Зорилго: Байгалийн гаралтай даидзин, рутин, лютеолин, апигенин, кверцетин зэрэг таван флавоноидын NRF2 уургийн Neh1 домэйнтэй харилцан үйлчлэх боломжийг молекулын докингийн аргаар үнэлж, докингийн үнэлгээ болон лигандын үр ашгийн үзүүлэлтэд үндэслэн цаашид судлах боломжтой нэгдлүүдийг тодорхойлох. Арга, аргачлал: Энэхүү судалгаагаар байгалийн гаралтай таван флавоноид болох даидзин (daidzin), рутин (rutin), лютеолин (luteolin), апигенин (apigenin), кверцетин (quercetin) нь NRF2 уургийн зорилтот хэсэгтэй хэрхэн харилцан үйлчилж байгааг молекулын докингийн аргаар судлав. Флавоноидуудын гурван хэмжээст бүтцийг PubChem мэдээллийн сангаас, NRF2 уургийн бүтцийг Protein Data Bank (PDB) мэдээллийн сангаас татан авч ашигласан. Молекулын докингийн тооцооллыг AutoDock Vina алгоритмд суурилсан CB-Dock2 цахим платформоор гүйцэтгэв. Үр дүн: Сонгосон флавоноидуудын докингийн үнэлгээ −64.9-өөс −77.2 хүртэлх утгатай байв. Үүнээс даидзин хамгийн бага буюу −77.2, апигенин −72.0, лютеолин −71.4 үнэлгээтэй байсан бол рутин хамгийн өндөр буюу −64.9 үнэлгээтэй байлаа. Лигандуудын RMSD-ийн тооцоолсон утгууд 14.766–15.344 Å-ийн хооронд хэлбэлзэж, хоорондын ялгаа бага байв. Даидзин болон апигенин харьцангуй бага RMSD утгатай байсан бөгөөд докингийн позын бүлэглэлийн шинжилгээгээр бүх лиганд ижил төстэй холбогдох бүсэд байрласан байна. Лигандын үр ашгийн (ligand efÏciency) үзүүлэлтээр апигенин (−2.40), лютеолин (−2.30), болон кверцетин (−2.20) нар харьцангуй өндөр үр дүнтэй байв. Харин даидзин нь хамгийн хүчтэй докингийн үнэлгээтэй байсан хэдий ч молекулын хэмжээтэй нь харьцуулсан лигандын үр ашиг харьцангуй бага байлаа. Дүгнэлт: Судалгааны үр дүнгээр даидзин болон апигенин нь NRF2 уургийн Neh1 домэйнтэй харилцан үйлчлэх боломжтой нэгдлүүд болох нь тодорхойлогдлоо. Гэсэн хэдий ч эдгээр үр дүн нь зөвхөн тооцооллын шинжилгээнд үндэслэсэн тул NRF2 уургийн үйл ажиллагаанд үзүүлэх бодит нөлөөг баталгаажуулахын тулд молекулын динамикийн симуляци болон туршилтын (in vitro / in vivo) судалгааг нэмж хийх шаардлагатай байна.