MYC прото-онкогенийг дарангуйлах siRNA-ийг биоинформатикийн аргаар загварчилсан дүн

Хураангуй

Үндэслэл: Судлаачдын сонирхлыг татаж буй нуклейн хүчилд суурилсан эм хэмээх молекулууд гений түвшинд шууд зохицуулалт хийх, интерференц РНХ-ийн (siRNAs) тусламжтай транскриптыг задалж дарангуйлах замаар олон өвчин, ялангуяа хорт хавдрыг эмчлэх эмнэлзүйн туршилтад РНХ-ийн эмчилгээ хурдацтай хөгжсөөр байна. Генетикийн шинжилгээгээр геномын олшруулалтаас (амплификаци) үүдэлтэй MYC прото-онкогений хэт их илрэл нь вируст болон архи хамааралт элэгний эсийн хавдрын 70%-д хүртэл тодорхойлогддог болохыг тогтоожээ. MYC прото-онкоген нь элэгний эсийн хавдрын үед PI3K/Akt/mTOR, Wnt/β-катенин, MAPK/ERK зэрэг дохио дамжуулах замуудад нөлөөлж хавдрын эсийн өсөлтөд шаардлагатай уураг нийлэгжлийг эрчимжүүлэх, транскрипцийг нэмэгдүүлэн хавдрын өсөлтийг өдөөж, дархлаанаас зайлсхийх чадвартай болгодог. MYC онкогенийг дарангуйлах тухай ойлголт улам бүр нэмэгдэж байна. Зорилго: MYC прото-онкогений идэвхжилийг дарангуйлах олон транскриптид өвөрмөц siRNA-ийг биоинформатикийн аргаар загварчлан, элэгний хавдрын эсэд үзүүлэх нөлөөллийг судлах. Арга, аргачлал: Туршилт судалгааны загварыг ашиглан in silico орчинд MYC прото-онкогений тодорхой уургийг кодолсон 15 транскрипт кандидатыг Ensembl-ээс татан авч эгнүүлэн нийт транскриптийн хамгийн их давтагдаж буй хэсгийг цааш siRNA таамаглахад ашигласан. Сонгогдсон CDS-ийн хувилбаруудыг siDirect 2.1 руу оруулан гурван кандидат хувилбарт цааш баталгаажуулалт (siExplorer≥60, OligoWalk≥0.7, siPRED≥70%)-ын шинжилгээ хийв. siRNAs хос хэлхээний GC агууламж, siRNA бүрийн антисенс болон сенс хэлхээнд палиндромын дараалал байгаа эсэх, бай мРНХ-ын сайтад зөв холбогдох зэргийг урьдчилан таамаглаж уургийн орон зайн бүтцийг тодорхойллоо. Үр дүн: MYC прото-онкогений тодорхой уургийг кодолсон транскрипт кандидат бүрийг эгнүүлэн хамгийн их давтагдаж буй хэсгийг цааш siRNA таамаглахад ашиглахад боломжит гурван (s1, s2, s3) кандидат хувилбарыг цааш баталгаажуулан (s1 “siExplorer≥79.9, OligoWalk≥0.9, siPRED≥85.5%”, s2 “siExplorer≥64.2, OligoWalk≥0.87, siPRED≥91,9%”, s4 “siExplorer≥67.7, OligoWalk≥0.81, siPRED≥91.6%”) урьдчилан таамагласан. siRNA хэлхээ нь зөвлөмж бүхий GC агууламжтай, байнаас өөр хэсэгт холбогдох шинжгүй байлаа. Антисенс siRNA гуравдагч бүтцийг Ago2-ийн орон зайн бүтэцтэй өөрсдийн таамаглан загварчилсан siRNA антисенс хэлхээн дарааллаар солин оруулж орон зайн бүтцийг загварчлахад siRNA нь Ago2-ийн PAZ–MID домэйн орчимд биологийн хувьд нийцтэй байрлалд, siRNA-Ago2 бүрдэл нь эцсийн бүтээгдэхүүн хэлбэртээ тогтвортой байсан. Дүгнэлт: Энэхүү судалгаанд элэгний эсийн хавдрын эсрэг, эмчилгээний боломжит олон трансприптэд өвөрмөц siRNA-ийг MYC прото-онкогений мРНХ-ийг дарангуйлах гурван siRNA-ийг амжилттай загварчиллаа. Сонгогдсон siRNA нь Ago2-тэй хүчтэй холбогдох боломжтойг харуулж байна. Цаашид in vitro болон in vivo туршилт судалгаагаар баталгаажуулах шаардлагатай.