АХХХЭӨ дэх m7G-тэй холбоотой lncRNA GSEC-ийн экспресс ба тавилан хоорондын хамааралыг судалсан дүн

Хураангуй

Үндэслэл: Толгой хүзүүний хавтгай хучуур эсийн өмөн (ТХХХЭӨ) нь зэргэлдээх эрхтэн рүүгээ нэвчих чанар өндөртэй бөгөөд тавилан муутай хавдруудын нэг байдаг. Амны хөндийн хавтгай хучуур эсийн өмөн (АХХХЭӨ) нь ТХХХЭӨ-гийн хамгийн түгээмэл төрөл болно. Өмөнг эрт үед нь оношилж, эмчлэх нь тавиланд чухал нөлөөтэй байдаг учраас өмөнгийн үүсэл, явц зэрэгт оролцдог ач холбогдол бүхий биомаркер, бай молекулуудыг тодорхойлох шаардлагатай байна. N7-метилгуанозин (m7G) нь РНХ-ийн эпигенетик зохицуулалтын механизмд чухал оролцоотой байдгийн хувьд хавдрын үүсэл, хөгжилд нөлөө бүхий үүрэг гүйцэтгэдэг гэж үздэг. Урт кодлогддоггүй РНХ (lncRNA) нь хавдрын олон үйл явцад оролцдог боловч ТХХХЭӨ-д m7G-тэй холбоотой хийсэн судалгаа бага байна. m7G нь ТХХХЭӨ/АХХХЭӨ-ийн хавдрын явцад нөлөөлдөг молекулын механизм одоогоор бүрэн тодорхойгүй байгаа нь энэхүү судалгааны үндэслэл боллоо. Зорилго: ТХХХЭӨ/АХХХЭӨ-гийн тавилан ба m7G-тэй холбоотой lncRNA GSEC хоорондын хамаарлыг судлах. Арга, аргачлал: The Cancer Genome Atlas (TCGA) өгөгдлийн сангаас ТХХХЭӨ-гийн RNA-seq транскриптомын өгөгдөл, клиник мэдээллийг авч ялгаатай экспресслэгдсэн ач холбогдол бүхий lncRNAуудыг сонгон авч, нэг хувьсагчтай Cox регрессийн шинжилгээгээр тавилантай холбоотой lncRNA-уудыг тодорхойлов. m7G-тэй холбоотой генийг хэвлэгдсэн судалгааны өгүүллүүд болон Pearson корреляцийн шинжилгээнд үндэслэн m7G-тэй холбоотой lncRNA-уудыг тогтоов. UALCAN шинжилгээгээр ТХХХЭӨ/АХХХЭӨ дэх m7G-тэй холбоотой lncRNA-ын экспрессийн түвшинг тогтоож ба cBioPortal шинжилгээгээр ТХХХЭӨ дэх GSEC генийн мутацийг шинжлэв. Metascape шинжилгээгээр GO/ KEGG-ийн баяжилтын шинжилгээг гүйцэтгэсэн. Human Protein Atlas (HPA) өгөгдлийн сангаас АХХХЭӨ ба эрүүл эд дэх m7G-тэй холбоотой генийн уургийн түвшний экспрессийг тодорхойлж, qRT-PCR шинжилгээгээр АХХХЭӨ -гийн шугаман эс дэх экспрессийг судлав. Үр дүн: TCGA өгөгдлийн сангаас 3618 ялгаатай экспресслэгдсэн lncRNA-г тодорхойлсноос их экспресслэгдсэн 2421, бага экспресслэгдсэн 1197 ген байв. ТХХХЭӨ-гийн тавиланг тодорхойлоход ач холбогдол бүхий 1306 lncRNA-г тогтоов. Судалгааны 11 өгүүллээс 29 ген, пирсоны корреляцийн шинжилгээгээр 310 m7G-тэй холбоотой lncRNA-г илрүүлэв. Random forest model-ыг ашиглан хамгийн их ач холбогдол бүхий 50 генийг тодорхойлов. Эдгээр генүүдийг нэг хувьсагчтай Cox регрессийн үр дүнтэй давхцуулж m7G-тэй холбоотой lncRNA-уудыг тодорхойлоход GSEC ген нь ТХХХЭӨ-д оношлогооны өндөр ач холбогдолтой болох нь тогтоогдов. UALCAN шинжилгээгээр ТХХХЭӨ/АХХХЭӨ-д GSEC/DCPS нь статистикийн ач холбогдол бүхий их экспресслэгддэж байсан бөгөөд энэ нь ТХХХЭӨ-гийн тавилантай урвуу хамааралтай байна. GSEC-ийн мутацийг судлахад ТХХХЭӨ-д GSEC-ийн мутац тодорхойлогдсноос гадна mRNA-ийн их, бага экспресс тогтоогдов. Генийн онтологийн шинжилгээгээр эндоплазмын торын хөндий, гликопротеины бодисын солилцооны үйл явц, коллаген фибрилл, KEGG шинжилгээгээр эндоплазмын тор дахь уургийн боловсруулалт, гликозаминогликан биосинтез, лизиний задрал зэрэг замууд голлон баяжсан байв. DCPS уургийн экспресс эрүүл амны хөндийн салст эдэд бага, АХХХЭӨ-д их байлаа. Мөн АХХХЭӨ-гийн шугаман эсүүдэд GSEC-ийн экспресс амны хөндийн хучуур эдийн кератиноциттэй харьцуулахад статистик ач холбогдол бүхий их байлаа. Дүгнэлт: Энэхүү судалгаагаар m7G-тэй холбоотой GSEC/DCPS нь ТХХХЭӨ/АХХХЭӨ-д их экспресслэгдэж тус өмөнгийн тавиланд сөрөг нөлөөтэй байгааг тогтоолоо. Цаашид GSEC/DCPS нь ТХХХЭӨ/ АХХХЭӨ-гийн оношилгоо ба эмчилгээний шинэ молекул, зорилтот бай болж болох юм.