MRXA7 уургийн идэвхтэй төвтэй флавоноидын молекулуудын харилцан үйлчлэлийг молекул докингийн аргаар үнэлэсэн нь

Хураангуй

Үндэслэл: Арьсны шархны эдгэрэлт, уян хатан байдал болон хамгаалах чадвар нь эсийн нөхөн төлжилт, эсийн гаднах матрикс (ЭГМ)-ийн дахин зохион байгуулалттай нягт холбоотой байдаг нь судалгаагаар нотлогтсон байна. MXRA7 (Matrix Remodeling Associated Protein 7) нь эсийн гаднах матрикс (ЭГМ)-ийн зохицуулалт, эдийн нөхөн төлжилт болон үрэвслийн процессод оролцдог уураг бөгөөд сүүлийн үеийн судалгаануудын үр дүнгээр шархны эдгэрэлтийг дэмжих чадамжтай болох нь тогтоогдоод байна. Гэсэн хэдий ч MXRA7-ийн үйл ажиллагаанд нөлөөлөх байгалийн гаралтай бага молекулуудын талаарх судалгаа хомс хэвээр байна. Харин флавоноидууд нь антиоксидант, үрэвслийн эсрэг үйлдлээрээ шархны эдгэрэлт ЭГМ-ийн зохицуулалтад эерэг нөлөө үзүүлдэг нь өмнөх судалгаагаар нотлогдсон байна. Иймээс флавоноид нэгдлүүд MXRA7 уургийн боломжит зохицуулагч байж болох таамаглал дэвшүүлэв. Зорилго: MXRA7 уургийн идэвхтэй төвд 14 төрлийн байгалийн гаралтай флавоноид нэгдлийн холбогдох чадвар, холболтын энерги, харилцан үйлчлэлийн онцлогийг молекул докингийн аргаар үнэлэх. Арга, аргачлал: Флавоноидын молекулын бүтцийг PubChem мэдээллийн сангаас авч, MXRA7 уурагтай харилцан үйлчлэлийг CB-Dock2 болон SwissDock программ хангамж ашиглан молекул докингийн аргаар судлав. Докингийн үр дүнг PyMOL программаар дүрслэн, RMSD, холболтын чөлөөт энерги (∆G), ингибиторын тогтмол (Ki), позын эрэмбэлэлт болон кластер анализын үзүүлэлтүүдээр үнэлэлэв. RMSD ≤ 2.0Å-ийг тогтвортой холболтын шалгуур болгон ашиглав. Үр дүн: MXRA7 флавоноидын комплексүүдийн RMSD утга 0.081–0.622Å-ийн хооронд хэлбэлзсэн нь бүх нэгдлүүд уургийн холбогдох хөндийд тогтвортой байрлаж байгааг тодорхойлов. Физетин (0.081Å), Нарингенин (0.107Å), Хесперетин (0.107Å) хамгийн бага RMSD үзүүлсэн нь холбогдох байрлалын тогтвортой байдал өндөр болохыг илтгэнэ. Холболтын энерги (∆G) -6.0– -7.1 ккал/моль-ийн хооронд байсан ба Протропин хамгийн хүчтэй холболт (∆G=-7.1ккал/моль) үзүүлэв. Ихэнх флавоноидууд MXRA7 уургийн амин хүчлийн үлдэгдлүүдтэй устөрөгчийн холбоо, гидрофоб болон π–π харилцан үйлчлэл үүсгэх боломжтой байв. Кластер анализын дүнгээр флавоноидуудын ихэнх нь нэг үндсэн холбогдох байрлалд төвлөрсөн бол Физетин, Нарингенин, Хесперетин тусдаа дэд кластер үүсгэн илүү тогтвортой байрлалтай байв. Лигандын үр ашгийн (LE) үнэлгээгээр Хризин, Апигенин, Нарингенин өндөр LE үзүүлсэн нь жижиг молекулуудын холболтын үр ашиг сайн болохыг харуулав. Дүгнэлт: Флавоноид нэгдлүүд MXRA7 уургийн идэвхтэй төвтэй тогтвортой харилцан үйлчлэх боломжтойг молекул докингийн аргаар үнэлэсэн. Ялангуяа Протропин холболтын энергиэр, Физетин, Нарингенин, Хесперетин холбогдох байрлалын тогтвортой байдлаар онцгой үр дүн үзүүлсэн. Эдгээр нэгдлүүд нь MXRA7-т чиглэсэн боломжит биоидэвхт молекулууд байж болох бөгөөд цаашдын судалгаанд молекулын динамик симуляци болон туршилтаар баталгаажуулах шаардлагатай гэж үзэж байна.