Genomic variations of the locally transmitted SARS-CoV-2 early pandemic period in Mongolia

Abstract

Үндэслэл: SARS-CoV-2-ийн мутацийг илрүүлж удмын хэв шинжийг тодорхойлох нь тархвар зүйн болон эмнэлзүйн олон талын ач холбогдолтой болохыг судлаачид онцлон тэмдэглэжээ. Цар тахлын эхэн үед нуклейн хүчлийн дарааллыг тогтоох шинжилгээний хязгаарлагдмал байдлаас шалтгаалж Монгол улсад голомтлон тархсан шинэ коронавирусийн геномын судалгаа хомс хийгдсэн, мэдээ баримт дутмаг байгаа нь энэхүү судалгаа хийх үндэслэл боллоо. Зорилго: Монгол улсад голомтлон тархсан SARS-CoV-2-ийн удмын хэв шинжийг тогтоох. Арга, аргачлал: 2020 оны 11 дүгээр сараас 2021 оны 5 дугаар сар хүртэлх хугацаанд дотоодын халдварын батлагдсан тохиолдлын хадгалагдаж буй шинжлэгдэхүүнээс түүвэрлэн авч, SARS-CoV-2-ийн S генийн өвөрмөц мутацийг бодит хугацааны урвуу транскрипцийн полимеразын гинжин урвал (бх-УТ-ПГУ)-ын аргаар илрүүлж, вирусийн бүтэн геномын дарааллыг нанопор технологи (MinION Mk1C) ашиглан тогтоож EPI2ME программаар дүгнэлээ. Үр дүн: Судалгаанд батлагдсан тохиолдлын нийт 1656 шинжлэгдэхүүнийг хамруулан S генийн E484K, N501Y, HV69/70 делеци мутаци илрүүлэх бх-УТ-ПГУ-ын шинжилгээ хийхэд 91.3% (1512)-д дээрх мутациуд илрээгүй. Харин 5.4% (89)д N501Y, HV69/70 делецийн мутаци хавсран илэрсэн буюу Альфа хувилбар, 3.3% (55)-д E484K, N501Y, HV69/70 делецийн мутациуд хувилбарыг нь таамаглах боломжгүйгээр дангаар болон хавсарч илэрсэн. Вирусийн бүтэн геномын дараалал тогтоох шинжилгээг 342 тохиолдолд хийхэд (Alpha, V1) (B.1.1.7) хувилбар 2.3% (8)-ийг эзэлж байна. Харин 21C (Epsilon) (B.1.429), 19A, 20A хувилбар тус бүр 1-2 тохиолдолд илэрлээ. Дүгнэлт: 1. Монгол улсад 2020 оны 11 дүгээр сараас эхлэн 2021 оны 5 дугаар сар хүртэлх хугацаанд тархсан SARSCoV-2-ийн омгуудын дийлэнх нь S генийн E484K, N501Y, HV69/70 делеци мутаци агуулаагүй хувилбар байсан ба Alpha хувилбар 1 сараас эхлэн илэрсэн байна. 2. Монгол улсад цар тахлын эхэн үед SARS-CoV-2 –ийн 20В (B.1.1.46) хувилбар давамгайлан тархсан болох нь батлагдсан ба халдварлах чадамж өндөртэй Альфа хувилбар 2021 оны 1 дүгээр сараас эхлэн бүртгэгдэж эхэлсэн боловч нийгмийн эрүүл мэндийн арга хэмжээний дүнд тархалт нь харьцангуй хязгаарлагдаж байсан байна.